Ефим Моисеевич Фомин родился 15 января 1909 в местечке Колышки Лиозненского района Витебской области, в бедной трудовой семье. Его родители, отец — кузнец, мать — швея, рано умерли, и он воспитывался сначала у тетки, потом у дяди. С 12 лет начал трудовую деятельность учеником, а вернее, прислугой у кустаря-парикмахера в г. Витебске, затем был учеником сапожника. Воспитывался в детском доме, работал на Витебской обувной фабрике, где в 1924 году был принят в комсомол.
По партийной мобилизации в марте 1932 года Ефим Моисеевич стал кадровым политработником Красной Армии. Работал сначала в Пскове, потом в Феодосии и Симферополе секретарем комсомольской организации зенитного полка, политруком роты, инструктором политотдела стрелковой дивизии, военным комиссаром стрелкового полка.
В 1938 году окончил курсы при политуправлении Харьковского военного округа. За отличную учебу и активную общественную работу командующий округом в приказе объявил ему благодарность, а политуправление наградило именными часами с надписью "За особые успехи в овладении большевизмом".
В августе 1938 года был назначен на должность военного комиссара 23-й Харьковской ордена Ленина Краснознаменной стрелковой дивизии. Вместе с этой дивизией в 1939 году принимал участие в освобождении Западной Украины.
Летом 1940 года 23-я дивизия вступила на территорию Латвии и расположилась в Даугавпилсе. Е.М. Фомин, будучи замполитом дивизии, начальником отдела пропаганды, много сил и энергии отдавал воспитанию бойцов и командиров, повышению их боевой готовности.
Однако нашлись люди, которые смогли его оклеветать. В марте 1941 года Ефима Моисеевича перевели в Брест с понижением на должность заместителя командира по политчасти 84 стрелкового полка 6-й Орловской Краснознаменной стрелковой дивизии.
Только через много лет, уже в наше время, по ходатайству ветеранов 23-й дивизии, ставшей в годы войны 71-й гвардейской, Министр обороны СССР 8 мая 1991 года отменил пункт старого приказа 1941 года о применении к Е.М. Фомину незаслуженного взыскания и восстановил его в должности заместителя командира дивизии. Кстати, при переводе в Брест Фомин остался в прежнем воинском звании — полковой комиссар, соответствовавшем званию полковника.
Прибыв в апреле 1941 года на новое месте службы в Брест, Е.М. Фомин за короткое время сумел завоевать доверие и любовь бойцов и командиров. Об этом впоследствии вспоминал его однополчанин А.М. Филь: "С первых дней своим вниманием, своей отзывчивостью и простотой он приобрел в красноармейской среде доброе имя "отец". К его помощи без робости в сердце прибегали все члены большого коллектива. Строгость и доброта, требовательность и практическая помощь были основными методами его работы по воспитанию личного состава".
На рассвете 22 июня с первыми разрывами вражеских снарядов в Брестской крепости комиссар Фомин оказался в центре событий. Ввиду отсутствия командиров, он принял на себя командование подразделениями, находившимися в казарме, и приказал бойцам занять оборону в районе Холмских ворот цитадели. Попытка гитлеровцев прорваться через эти ворота была отбита. После этого он организовал контратаку против отряда немцев, прорвавшегося через соседние Тереспольские ворота в центре крепости. В результате этот отряд был разгромлен и отброшен. Первый успех окрылил защитников цитадели.
Чтобы бойцы видели в своих рядах еще одного старшего командира, он приказал комсоргу полка С.М. Матевосяну надеть его запасную гимнастерку со знаками различия полкового комиссара. По его приказу комсорг пытался прорваться из крепости на броневике, чтобы связаться с командованием советских войск, но безуспешно. Фашисты блокировали все выходы из крепости.
Комиссар Фомин участвовал в боях с гитлеровцами, нередко сам возглавлял штыковые атаки, увлекая бойцов личным примером. В то же время он понимал, что разрозненные группы не смогут долго сопротивляться превосходящим силам фашистов, и поэтому стремился объединить всех защитников крепости. 24 июня 1941 года по его инициативе и при его активном участии в перерыве между боями в одном из казематов собрались на совещание командиры отдельных групп, сражавшихся в цитадели. Они решили вопрос об объединении в сводную группу и создании единого командования и штаба обороны.
Командиром был, капитан И.Н. Зубачев, а его заместителем стал полковой комиссар Е.М. Фомин. Эти меры способствовали повышению организованности и усилению стойкости обороны цитадели. Вместе с капитаном Зубачевым Фомин руководил боевыми действиями организованного прорыва из окружения, однако они были безуспешными. Силы защитников крепости, не получавших ниоткуда помощи, таяли, и их положение становилось все более тяжелым.
Фашисты блокировали все подходы к реке Мухавец, омывающей крепость. В результате этого защитники крепости (а среди них много раненых) жестоко страдали от жажды. Не было воды, продовольствия, медикаментов, иссякли боеприпасы. Однако герои держались до последнего патрона, до последней капли крови.
По словам оставшихся в живых защитников крепости, комиссар Фомин в невероятно трудных условиях проявлял волю и выдержку. Недаром его называли душой обороны. Когда один из бойцов сказал, что последний патрон оставит себе, Ефим Моисеевич возразил: "Мы можем умереть и в рукопашной схватке, а патроны расстреляем в фашистов". Тех, кто падал духом, он убеждал, что бесцельная смерть, самоубийство — это трусость, жизнь надо целиком отдать борьбе с лютым врагом.
Наравне со всеми комиссар Фомин страдал от жажды и голода и не допускал, чтобы ему оказывали какое-нибудь предпочтение. Фельдшер С.Е. Милькевич однажды принес комиссару немного мутной воды, которую с трудом собрали в выкопанной под полом яме. Фомина уже несколько дней мучила жажда, но он сказал: "Вода — только для раненых". Когда его ранило в руку, он спустился в подвал, где несколько раненых ожидали перевязки. Фельдшер бросился к нему, однако тот сказал: "Сначала их", — и стал ждать своей очереди. Разведчики приносили комиссару хлеб и галеты, найденные у убитых гитлеровцев, а он отдавал раненым, женщинам и детям, находившимся в подвалах.
В редких перерывах между боями Ефим Моисеевич стремился сердечным словом подбодрить бойцов, внушал им веру в нашу победу над врагом, призывал до конца выполнить свой воинский долг. Во время одного из штурмов гитлеровцы захватили небольшую группу измученных, полуживых солдат, среди которых был Е.М. Фомин. Они опознали его и расстреляли у крепостной стены. Как вспоминал участник обороны Д.А. Абдуллаев, комиссар успел крикнуть бойцам: "Не падайте духом. Победа будет за нами".